De la misma forma que podemos crear nuevas ventanas mediante el método window.open( ), podemos cerrarlas mediante este otro método, window.close( ) aplicado a la ventana que deseamos cerrar. Si se aplica a una ventana no creada por nosotros, mediante la correspondiente instrucción open(), el navegador muestra un mensaje de advertencia, mensaje que no aparecerá si se trata de cerrar una ventana creada por nosotros, de la que por tanto somos propietarios. Este es un mecanismo de seguridad de los navegadores que no puede alterarse.
Por ejemplo creamos una ventana aviso:

aviso = window.open("aviso.htm")

Esta página aviso.htm puede contener un botón que sirva para cerrarla:

O también podemos cerrarla desde la ventana que la creó:

aviso.close();

En los dos casos la ventana se cerrará sin mensaje de advertencia. Pero si abrimos directamente en el navegador la ventana aviso.htm, al pulsar el botón Cerrar aparecerá el mensaje de advertencia del navegador.